La FDT a été crée lors de son congrès constitutif des 4,5 et 6 avril 2003, auquel ont participé 22 syndicats nationaux représentant les secteurs de la Fonction et des Etablissements publiques, ainsi que 20 Unions Locales comptant dans leur structure plusieurs Entreprises locales du secteur privé. Ces Organisations et formations syndicales, qui pour certaines, ont fait l’objet de mesures d’exclusion arbitraires, et pour d’autres qui se sont trouvés dans l’obligation de quitter la Confédération Démocratique du travail (CDT), ont perdu tout espoir d’amener la Direction de cette Centrale à respecter la démocratie interne et l’autonomie des syndicats sectoriels dans la gestion de leurs affaires et d’éviter toute utilisation des luttes sociales et syndicales à des fins politiques, sans intérêt pour les masses laborieuses.La FDT est née parce que toutes les tentatives de redressement de l’intérieur sont demeurées vaines. La Direction avait définitivement dérivé le mouvement syndical Marocain des principes fondamentaux qui ont présidé à sa création en 1955.